1971年9月13日，身为中共中央副主席、军委副主席的林彪，在妄图谋害毛泽东、另立中央的阴谋败露后，从山海关机场仓皇爬上256号三叉戟飞机，叛逃国外。周恩来得知这一意外事件，立即通知叶剑英到人大会堂，并指定他处理林彪善后问题及战备事项。当晚，叶剑英转移到玉泉山待命，随时准备应付可能出现的突然事变。十四日，中华人民共和国驻蒙古人民共和国大使馆传回消息，证实林彪叛逃途中机毁身亡。叶剑英愤然提笔，写下一首《斥林彪》诗：

　　铁鸟南飞叛未成，庐山终古显威灵。

　　仓皇北窜埋沙碛，地下应惭汉李陵。①（①《远望集》，人民文学出版社1979年8月版，第63页。）

　　一、受命于危难之际

　　林彪自我爆炸以后，他的党羽、原军委办事组负责人黄永胜、吴法宪、李作鹏和邱会作十分惶恐。他们手忙脚乱，千方百计销毁自己参与林彪篡党夺权活动的罪证，拒不交代问题。9月24日，中共中央命令黄、吴、李、邱4人离职反省。与此同时，中央决定由军委副主席叶剑英主持军委日常工作。10月3日，中共中央又作出决定，撤销军委办事组，成立由叶剑英主持的军委办公会议，成员有叶剑英、李先念、李德生、谢富治、张春桥、纪登奎、汪东兴、陈士榘、张才千、刘贤权。军委办公会议在中央军委领导下，负责处理军委日常工作。

　　叶剑英受命于危难之际，深感责任重大。10月4日，他给毛泽东写信，报告军委直属单位、军兵种和院校传达中共中央关于林彪叛党叛国事件通知的情况和军委工作的一些设想。他在信中写道：

　　"林彪及其妻、子叛变，黄、吴、李、邱附逆，以为勾结几个死党，掌握几架飞机，散布几句谣言，制造几桩借口，就可以施展阴谋，篡党篡国，结果作恶自毙，余孽落网，从反面促使全党提高觉悟，提高警惕，增强团结，增强战斗力，这证明坏事做到头可以变成好事。"

　　"军队各大单位在常委会上传达时，讲到林彪谋叛三阶段（谋害主席、广东割据、北窜投敌），同志们初听惊奇，再听愤怒，最后听到林彪机毁人亡，一种沉重心情又爽然消失，转为快慰，发人深省。""在军委直属各兵种首长会议上，曾把林彪给黄永胜的亲笔信（照片）给大家传视一遍，又选了三篇交代材料给大家念了一遍，这种铁证如山，完全粉碎了可能在少数人身上出现的半信半疑的精神状态，收到全功。"
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　　叶剑英在信中认为，对林彪叛党叛国罪行，中央规定有计划有步骤地传达，这是对的。但是，从传达的效果来看，快比慢好，显比隐好，应当加快步伐，尽快传达到基层。这样似台风过后，万里无云，做到思想上充实提高，组织上调整巩固。

　　叶剑英在信中汇报了军委下一步工作安排，然后向毛泽东表示："这次主席令我主持军委日常工作，我十分感戴主席的信任，但又十分害怕工作做不好，误了大事。"因此，他一方面表示自己要"努力学习，努力工作",另一方面，也希望毛泽东、周恩来及政治局各同志能经常对军委工作作出指示，提出意见，以便使工作少出差错。最后，他请求毛泽东"有时间请赐一见，得到指示，以利工作".①（①叶剑英致毛泽东的信，1972年10月4日。）

　　毛泽东收到叶剑英的信，当天即召集叶剑英和军委办公会议的成员谈话，就军委的工作作了重要指示。他指出，林彪搞了十几年，军队的问题不少。"四好"运动搞了很多形式的东西，军事训练也有形式主义，部队的作风也搞坏了。要好好整顿我们的军队，肃清林彪的影响。军队要严格训练，严格要求，才能打仗。

　　为了贯彻中共中央、毛泽东主席关于整顿军队的指示，叶剑英确定，首先集中力量抓好军队系统从上到下关于林彪事件的传达，揭批、清理与林彪事件有牵连的人和事，纯洁各级组织，统一全军指战员的思想。他深入总部和一些大军区机关，亲自抓传达工作，宣讲中央文件精神。1971年10月7日，叶剑英出席总参谋部处以上党员干部大会，并作了重要讲话。他除了对中央文件上所揭露的问题进行具体解释以外，还揭露了林彪在历史上反对毛泽东和中央正确路线的一些重大错误，使大家对林彪的历史有了更进一步的了解。他特别强调，在批林斗争中要注意政策，注意区别和处理两类不同性质的矛盾。他充分肯定总参党委关于"分清两个关系"的提法，即分清楚正常的工作关系和非正常的宗派关系。对于正常的工作关系，不应予以追究。对于搞宗派的人，参与了林彪集团阴谋活动的人，就要注意清查。即使是宗派关系，也要进行分析。他强调指出：打击面不要过大，要少抓人，更要保留活的证据，活的材料。要抓敌我矛盾，不要把斗争方向搞偏了，否则，会犯新的错误。叶剑英的这个讲话，指明了军队系统批林斗争的政策和方向，使人们进一步加深了对林彪反革命集团罪行的认识，解除了一些人心中的疑虑，对全军批林斗争的健康发展，起到了重要的指导作用。以后，叶剑英又对全军的批林整风问题，作了多次重要指示和讲话，推动批林整风工作不断深入发展。
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　　二、筹备军委扩大会议

　　叶剑英清醒地看到，林彪主持军委工作12年，对人民解放军建设的干扰和破坏是十分严重的。许多单位的问题已经达到了积重难返的程度。叶剑英紧紧抓住整顿军队，肃清林彪流毒和影响，提高部队战斗力这个中心环节，大力开展各方面的工作。

　　从1971年底开始，叶剑英即根据毛泽东的指示，同军委办公会议的成员一起，着手筹备召开一次中央军委扩大会议。他打算通过军委扩大会议，讨论解决全军存在的一些重大问题，制订有关方针政策，以指导全军各项工作的开展。为此，他夜以继日地工作。他指示：军委办公厅、三总部和军事科学院要分别组织专门小组，研究与自己有关的问题，为会议的召开准备文件和材料。他认为，会议的重点，是围绕贯彻毛泽东"军队要整顿"的指示，整顿与解决军队建设中存在的突出问题。为此，可以先征求各军兵种、各大军区的意见，在集中各大单位意见的基础上，写好会议文件，特别要写好会议的主报告和会议决议两个文件。1972年1至2月，他多次主持召开军委办公会议和文件起草小组座谈会，了解工作进度，听取汇报，提出意见。有时，会议从晚上8时开始，一直持续到第二天凌晨，长达五、六个小时之久。叶剑英不顾年迈有病，仍然坚持参加会议，认真听取大家的汇报，细致地研究文件中的各种问题。这种忘我工作的革命精神，使参加文件起草小组的同志们深受教育。

　　在军委扩大会议筹备过程中，叶剑英还十分注意征求军内一些老同志的意见。他指示工作人员，将收集整理的各大单位对召开军委扩大会议的建议等有关材料，呈送徐向前、聂荣臻阅示。徐向前、聂荣臻看过材料后，对如何肃清林彪流毒及加强军队建设问题，提出了许多很好的意见。叶剑英很重视两位老帅的意见，要求工作人员将意见写进会议的主报告和决议之中。

　　到1972年2月底，由叶剑英主持起草的《在军委扩大会议上的报告》、《中共中央军委扩大会议决议》两个文件的初稿形成了。在这两个文件中，对林彪主持军委工作12年中推行的一套错误的东西，进行了系统批判，同时，提出了整顿军队的内容和措施。文件中指出，整顿军队，主要是：整顿思想作风，肃清林彪推行的形式主义、实用主义、教条主义、军阀主义的流毒，恢复和发扬人民解放军政治工作的优良传统，坚持党对军队的绝对领导，坚持民主集中制的原则；整顿各级组织，理顺编制、体制，改革部队装备；整顿军事训练，肃清林彪制造军政对立，在军事训练中推行取消主义、形式主义的流毒，对部队进行严格训练，严格要求，提高部队的军事素质；整顿和健全规章制度，加强部队管理；整顿军队院校，恢复必要的指挥院校和技术院校。
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　　军委扩大会议原定于1972年3月召开。但是，由于当时的政治形势等方面的原因，特别是由于江青一伙的干扰，会议未能按原计划召开。中央军委扩大会议，一直延至3年以后，即在1975年夏季才得以举行。

　　三、整顿军队领导班子

　　从筹备中央军委扩大会议开始，叶剑英就同办公会议的成员一起，大力开展调查研究工作，着手对部队进行整顿。叶剑英先后直接调查了军委各总部、各军兵种、军事科学院、军政大学、11个大军区和北京卫戍区以及国防工办、6个国防机械工业部、全国人防领导小组等单位的情况。他一个单位一个单位地听汇报，问情况，提问题，并就一些带普遍意义的问题同大家一起进行讨论研究，提出解决的办法。

　　军队各大单位领导班子的建设，是军队整顿过程中必须解决的重点问题。叶剑英认为，军队的领导班子，特别是大单位的领导班子，是军队的"上层建筑",而基层部队可以看作是军队的"基础"."上层建筑"的作用能够巩固、促进基础，也能破坏、衰变基础。军队必须坚持党指挥枪的原则，军队的领导权必须掌握在可靠的人手里。加强领导班子建设，主要从两个方面着手：一是狠抓政治思想教育，提高班子成员的马列主义水平；二是进行组织调整。①（①叶剑英在总政治部召开的全军批林整风座谈会上的讲话，1973年1月30日。）他布置总政治部派出工作组，到各军区了解领导班子的情况，同时要求大军区负责摸清军、师领导班子的情况，做到心中有数，及时调整。

　　为了加强中央军委的领导，叶剑英曾多次向周恩来、毛泽东建议，迅速改善邓小平的境况，恢复他的工作。1973年2月，邓小平被解除"流放",从江西回到北京，叶剑英便登门看望，问寒问暖，解决生活上的困难，为他创造良好的工作条件，征求他对军委扩大会议筹备工作的意见。他特意去找毛泽东，建议说："小平同志回来了，我提一个要求，让他来参加和主持军委工作。"毛泽东又同周恩来商议，决定恢复邓小平的国务院副总理职务，并参加军委工作。

　　为了进一步加强军队大单位领导班子建设，1973年12月12日，毛泽东亲自主持召开中央政治局会议，讨论全国各大军区司令员互相调动问题。他说："我和剑英同志请邓小平同志参加军委，当委员。"然后他指着叶剑英说："你是赞成的，我赞成你的意见。我代表你讲话。"最后，他让叶剑英把各大军区司令员、政治委员都找来，参加议军，叶剑英负责具体主持这项工作。12月22日，中央军委发布命令，令北京与沈阳、南京与广州、济南与武汉、福州与兰州军区司令员相互对调。在召集这些军区司令员开会宣布中央和军委的决定时，毛泽东主席作了重要讲话，他指着邓小平介绍说："现在，我请来了一个军师，叫邓小平。发个通知，当政治局委员、军委委员。政治局管全部的，党政军民学，东西南北中。我想政治局添个秘书长吧，你不要这个名义，那就当个参谋长吧。"并亲自指挥司令员们唱《三大纪律八项注意》歌。叶剑英也在会上讲了话，说明工作调动的重要性和必要性，要求大家认真贯彻党中央、中央军委和毛泽东的指示，在规定的时间内到职上任。各军区司令员们坚决执行命令，很快都按军委的要求奔赴新的工作岗位。
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　　在进行军队领导班子的调整过程中，叶剑英还根据政治局势的发展情况，审时度势，果断地采取措施，解放一批被打倒的老干部。1973年1月1日，军委炮兵副司令员苏进写信给叶剑英，反映了他被林彪迫害的情况。叶剑英立即派秘书去看望了苏进，并在秘书整理的一份谈话纪要上作了批示："德生同志，苏进同志是1931年参加宁都暴动的同志，请分配他的工作。"①（①《党的文献》1990年第5期。）总政治部主任李德生接到批示后，很快作了安排，使苏进重新恢复了工作。在此前后，叶剑英先后同总政副主任梁必业、刘志坚、徐立清，炮兵司令员吴克华、副政委欧阳毅等人谈话，了解他们受林彪集团迫害的情况，关心他们的生活和工作，倾听他们的意见和要求。②（②访问梁必业谈话记录，1990年9月；访问吴克华谈话记录，1983年4月。）经军委研究并报毛泽东、周恩来批准，这些老同志都先后重新分配了工作，在军队的高级领导岗位上继续发挥作用。叶剑英还尽最大努力保护和帮助一批自己熟悉的地方领导干部，使他们获得解放。

　　四、训练与战备

　　军事训练和战备工作，是部队建设中的中心工作，也是遭受林彪干扰破坏的一个"重灾区".自从1964年林彪鼓吹"突出政治"以来，部队基本上不搞军事训练，战斗力受到很大削弱。为了扭转这种局面，叶剑英根据毛泽东关于"严格要求、严格训练"的指示，号召全军大力加强军事训练，尤其是干部训练，提高部队的军政素质。他针对军事院校被林彪一伙严重破坏的情况，采取了两个方面的重要措施。一方面，向党中央、毛泽东请示，陆续恢复了一些被林彪破掉的军事院校，开始为部队培养训练指挥、政治、后勤干部和专业技术干部。另一方面，要求全军大办教导队。1972年2月6日，叶剑英在听取南京军区领导人的工作汇报以后，就部队办教导队问题作了重要指示。他要求以师为单位，办好教导队，师长或副师长任队长，进行传帮带。两年之内把连、排长轮训完，使他们平时会组织训练，战时会指挥打仗。迅速扭转现在的局面，把老作风传下去。总参谋部向全军传达了叶剑英的指示。各单位迅速行动起来，普遍开办了教导队，军长、师长亲自任教，对基层干部进行严格训练。经过一段时间的努力，部队干部的军事素质有了明显提高。

　　叶剑英根据70年代初期的国际形势和人民解放军所面临的任务，还要求全军除抓好日常训练外，要突出抓好打坦克训练，要把打坦克之风吹遍全军。他认为，军队在今后反侵略战争中，敌方坦克不会只来一辆、两辆，而是一群一群，几百辆几千辆；不是只冲一次、两次，而是一波一波地向我们冲击。如果我们现在不抓好训练，就很难对付敌人的坦克。如果不能战胜敌人的坦克，地面作战这一关就很难过。因此，全军一定要重视打坦克训练。叶剑英还就反坦克武器的制造、打敌坦克的战术、阻敌坦克的战场创造等方面，提出了具体要求。根据他的要求，全军很快掀起了打坦克训练的热潮，一些军区相继组织了不同规模的反坦克作战演习。1973年10月，叶剑英与中共中央、中央军委的领导人，亲赴张家口，观看了北京军区组织的打敌集群坦克的演习，并在演习结束时作了重要讲话。他要求将演习中带普遍意义的经验，向全军推广，推动训练工作深入地向前发展。
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　　叶剑英主持军委日常工作，肩负着领导和指挥全军保卫国防的重任。全军战备工作时刻挂在他的心头。这一时期，中苏关系处于紧张状态。苏联在中国北部边境线外陈兵百万，严重威胁着中国的安全。叶剑英要求全军指战员一定要提高警惕，加强战备，不要因为世界上出现表面和缓而放松警惕。1972年夏，他指示总参谋部派出调查组，到东北、华北、西北地区检查战备工作落实情况。调查组出发前，叶剑英接见全体人员，指示要深入部队基层和军工厂，注意倾听各方面的意见，切实把部队和地方的战备情况摸清楚。后来，调查组经过一段时间工作，整理了"三北"地区部队战备工作等方面的情况汇报材料。叶剑英对有关材料作了认真研究，并对一些重要问题及时提出了处理意见。1973年9月中旬，中共中央、中央军委发出关于认真检查落实几项战备工作的指示，强调要特别警惕外国军队可能发动的突然袭击，要求在加强边防地区战备的同时，做好防止外国军队可能从海上袭击的准备，重点检查海防、边防地区各项战备工作落实情况。各军区、各军兵种立即组织力量进行认真检查，采取改进措施。叶剑英逐一检查督促军队各大单位战备工作的落实。这年秋，他得知海军某舰队有多艘潜艇不能进行战备值班，立即责成海军党委进行调查处理，并要求将全海军的战备情况予以查报。海军领导召开办公会议学习叶剑英的指示，并派出工作组进行调查整顿，进一步落实了各项战备工作。叶剑英还和军委领导成员一起，经常同总部机关、军事科学院有关人员研究分析国际形势及一些大国的战略动向。在他的主持下，对人民解放军的战略方针、作战部署、战场准备以及人民防空等重要问题作了研究调整，使全军各项战备工作得到了进一步加强。

　　国防科技和军工生产，一直是叶剑英甚为关注的问题。1972年9月，叶剑英同周恩来、朱德等中央领导人一起，视察了七机部装配运载火箭的车间。他对负责干部和工程技术人员说：中远程运载火箭要早点儿搞出来，国家需要它早去放哨！ 1973年9月，叶剑英在华东某地视察海军新研制的导弹驱逐舰，并题词："加强海军战斗力量，保障海防。"在视察中，他指示要加强协作，努力把新型舰艇搞上去，为建设强大的海军而奋斗。要努力把祖国南部和北部的海防都巩固起来。为了更好地发展国防科技和军工生产，叶剑英提出了一些重要原则。他认为，要正确处理好国防科技发展与国家经济发展的关系，国防科技和军工生产的发展，要适应国家的财力，把它放在一个适当的位置上；军工生产应当精密地设计，精密地制作，少量地生产，少量地试用；一定要狠抓军工项目的质量。他说，军工项目质量出问题，就会使部队干部战士多付出生命和血的代价。一次，叶剑英听取一项军工工程的汇报，汇报者说工程"质量基本上可以",叶剑英当即严肃指出："科学不能基本上，不过关就是不过关，要有老实态度。"

　　这一时期，尽管江青等人不断地干扰、破坏国防科技和军工生产，但在中共中央、中央军委和毛泽东、周恩来、聂荣臻、叶剑英等人的领导组织下，经过国防科技和军工战线广大革命干部和群众的努力，这条战线仍然取得了不小的成绩。

　　1973年8月，中国共产党召开了第十次全国代表大会，叶剑英出席了这次大会，并当选为中央委员。8月30日，在中共十届一中全会上，叶剑英当选为中央政治局委员，并被选为中央委员会副主席。