１９４９年初，涂通今随第四野战军南下中南。５月，南昌解放，他从武汉被派到南昌接收原“中正医学院”，将该院与中南军区医务学校合并为华中医学院，他任中南军区卫生部副部长兼华中医学院院长、党委书记。

　　南昌“中正医学院”成立于２０世纪３０年代。由于战乱，学院先后搬迁９次，师生员工疲于奔命；加上抗战胜利后，蒋介石发动内战，政治腐败，民不聊生，学院教师生活困难。但尽管这样，许多热心教育事业的专家，仍千方百计克服困难，坚持教学，学院也先后外聘湘雅、协和、中山、上海和南京几个学院的教授来校讲学。南昌解放前夕，学院多数教职员工还自动组织起来维护学院秩序。涂通今到职后，通过调查了解，召开了党委会，统一院领导班子的思想认识，认真做好安定人心的工作，使学院工作很快走上正常轨道。在这个基础上他积极采取措施，团结带领全院教职工搞好教学工作：

　　认真贯彻党中央和中央人民政府对文教机关采取“团结稳定”、“政治坚定，技术优良”培养卫生干部的方针。妥善安排原院长王子王干为公共卫生系主任、教授；招贤纳士，网罗人才，聘任省卫生厅副厅长邱倬、南昌结核病院院长齐同瑞等为内科学教授；慎重处理学员参军问题；扩大招生名额和附属医院床位；调整教学体制，建立本科、专科和轮训三种不同学制。通过这些办法，教育引导大家学习、继承井冈山革命传统和科学管理方法，努力为新中国培养德才兼备的医学人才。

　　主动争取地方党政军领导的重视和社会各界的大力支持。华中医学院隶属中南军区领导，但涂通今在稳定师生情绪、学员参军以及动员抗美援朝等各个重要时期，都主动邀请江西省委、省政府、省军区的负责人陈奇涵、邵式平等作动员报告，争取他们的领导和关心，从而有力地推进了各项工作的开展。

　　重视教学质量。在学院党代表大会上，涂通今明确提出了“教育为主，学生工作第一”的办学方针；在具体的教学工作中，注意抓好讲课、实习、备课、预讲等环节，建立课代表制度；提倡院领导亲自任教，他自己就讲授了《医学史》。

　　实施开门办学。由涂通今提议，１９５０年初，学院组织了大型展览会，向社会介绍医学教育的内容和教学方法。这次展览共接待南昌市党、政、军各级领导、各界人士和群众５万多人，普及了医学知识，扩大了学院影响，引起了地方乃至中央卫生部门的重视。

　　加强学院的基本建设。修建了教员和学生宿舍楼，建起了图书馆、试验楼和医院放射科，使学院的教学与生活条件大大得到改善。

　　在近两年时间里，涂通今带领院党委进行了大量的卓有成效的工作，学院出现了蒸蒸日上的新气象，为后来学院改为中南军区医学院、第六军医大学?合并为第七军医大学打下了坚实的基础。